Bon on va déjà commençer par rappeler se qui c'est passé dans Final Fantasy VII pour ceut qui ont la mémoire courte ou qui n'ont pas joué au jeu:
Résumé de Final Fantasy VII
L'histoire se déroule sur une planète qui aurait pu être la notre, dans une époque qui aurait pu être la notre. L'histoire débute à Midgar, la capitale du monde, une ville industrielle à deux étages où les pauvres vivent sous une plaque géante (là où vivent les riches), et ne voient jamais la couleur du ciel. Cette ville est le siège de la multinationale Shinra, une compagnie d'électricité qui a affirmé sa domination mondiale avec une nouvelle source d'énergie, la Mako. L'énergie Mako est extraite du sol et certains pensent que l'utilisation de la Mako détruit la planète (car elle puise dans la Rivière de la vie): parmi ceux là le groupe terroriste AVALANCHE qui lutte pour détruire les réacteurs Mako de Midgar. Ce groupe comprend au départ Barret le chef, Cloud un mercenaire recruté pour avoir travaillé dans les troupes d'élite de la Shinra (A.K.A. le "SOLDIER"), et Tifa une amie d'enfance de Cloud qu'il retrouve par hasard en arrivant à Midgar. Ensemble ils vont être trainés dans un lutte pour la planète bien au delà de ce qu'ils imaginent: ils vont faire la rencontre d'Aeris une jeune fille qui est recherchée par les Turks, un groupe mafieux dans lequel travaillent Reno, Rude, Elena et Tseng. A la suite de moultes péripéties ils vont s'enfuir de la ville pour poursuivre un ancien soldat laissé pour mort: Sephiroth. Ce personnage énigmatique faisait partie du "SOLDIER" et découvrit par le passé qu'il était le fruit d'une expérience génétique avec des cellules provenant d'une entité extraterrestre tombée sur terre il y a deux mille ans: Jénova. Dès lors, il commença à haïr la Shinra qui l'avait créé, et sa haine s'étendit à toute l'humanité.
Une fois sortis de Midgar, une chasse à l'homme se met en place: Cloud et ses amis d'un côté, la Shinra et les Turks de l'autre, tous adversaires mais unis à la poursuite de Sephiroth, qui lui semble traverser le monde à la recherche de quelque chose. On découvre par la suite que Sephiroth cherche une Matéria Noire (les matérias sont des petites orbes colorées détenant des pouvoirs magiques, et sont issues du raffinement de la Mako), une Matéria au pouvoir de détruire le monde. Il réussit à y mettre la main dessus, en contrôlant Cloud (du fait que Cloud possède en lui des cellules de Jénova à cause de son passage dans le "SOLDIER"). Aeris tente de s'opposer à l'utilisation de la matéria noire en fuyant le groupe de Cloud et en utilisant sa matéria Blanche qu'elle avait depuis son enfance, mais Sephiroth la tue alors qu'elle invoquait sa magie. Le vide créé par la mort d'Aeris se transforma en rage, et Sephiroth, faisant route vers le Cratère Nord, (l'endroit où était tombée Jénova et un gouffre à énergie Mako) va être poursuivi par Cloud jusqu'à ses ultimes profondeurs. C'est là que Cloud va être manipulé une seconde fois, et qu'il va mettre en contact la matéria noire et Sephiroth.
Dès lors, un météore géant va être invoqué et menacer la planète d'une destruction prochaine. Cloud et ses amis vont se retrouver prisonniers de la Shinra qui tente de détruire le dôme de protection du Cratère nord (apparu après l'utilisation de la matéria noire) à l'aide d'un Canon Mako géant installé à Midgar. Vont également apparaitre des Armes (des monstres millénaries au pouvoir de destruction immense), et une nouvelle bataille va s'engager. Le président de la Shinra, Rufus mourra (mais esse sure?!) dans l'une d'entre elles, au sommet de la tour Shinra de Midgar.
Une fois tiré, le Canon Mako va détruire le dôme protecteur du cratère nord où est terré Sephiroth qui attend la fin du monde. Cloud et ses amis vont descendre dans les profondeurs pour le combattre, et vaincre. Mais à leur retour, le météore est entré dans l'athmosphère et s'approche de Midgar....
C'est alors que la magie qu'invoquait Aeris se réveilla: la rivière de la vie (LifeStream), déborda en tous points du globe pour venir se concentrer sur Midgar et combattre le météore.
FIN DU JEU (On sait que Midgar a été anéantie avec la scène où l'on voit Red XIII, l'un des personnages du jeu qui y revient 500 ans plus tard avec ses enfants.)
